Неизбежна ли третья волна?

Нет, не по Эллиоту… А по этому чертову ковиду — в России.

На Медузе вышла нетривиальная (другого слова не смог подобрать, а это — как компромисс) беседа с профессором Сколтеха, эволюционным биологом Георгием Базыкиным, который весь последний год занимается анализом эволюции вируса и реконструирует его распространение по стране.
Она о том, что на самом деле происходило и происходит с новыми штаммами, как воспринимать новости о «103 случаях» и каковы опасения у ученого относительно будущего эпидемии.

Сначала о том, зачем проводится секвенирование (или чтение, если по-простому) генома коронавируса.
Сейчас очень важным является поиск новых вариантов вируса (штаммов). Если бы в мире не было программ массового секвенирования, сейчас никто бы не знал ни о свойствах этих вариантов, ни о самом их существовании. Если бы люди «не занимались секвенированием и анализом этих данных изначально, то мы бы просто не понимали, что происходит. Вирус меняется, меняются его свойства, и за этим нужно пристально следить.»
Кроме того, секвенирование позволяет реконструировать историю эпидемии или локальной вспышки. «Это можно делать как на глобальном масштабе, когда вы, например, определяете пути проникновения вируса в страну или город, так и на локальном, когда требуется установить, например, происходит ли передача инфекции внутри конкретной больницы.»

Безусловным лидером по объему секвенирования является Великобритания. Там еще с марта 2020 года ведется широкомасштабный анализ образцов, полученных из всех регионов страны. «Это позволило британцам засечь тот самый вариант B.1.1.7, причем очень быстро после его возникновения. Этот вариант называют британским условно; на самом деле нет твердых оснований считать, что он возник именно в Великобритании. Он вполне мог появиться совершенно в другой стране и просто быть обнаруженным там, где ведется такая масштабная работа по секвенированию.»
Другие страны тоже этим активно занимаются. США секвенировать начали довольно медленно, но сейчас быстро догоняют и посылают в международные базы уже сотни тысяч последовательностей. За ними следуют другие страны Европы.

А что же Россия...? «За все время эпидемии из России в международную базу данных GISAID поступило примерно две тысячи геномов высокого качества (на 6 апреля — 2682 генома). Это очень мало. Это сотые доли процента (0.058%) от официального числа зараженных. Для сравнения, Великобритания секвенирует до 8% всех своих случаев заражения. Это означает, что наш главный инструмент наблюдения за эволюцией вируса в России, к сожалению, имеет в сотню раз меньшее разрешение, чем в той же Великобритании. Поэтому мы понимаем ситуацию в России гораздо хуже, чем в Великобритании и вообще в мире.»

Поэтому российского ученого беспокоит ситуация с новыми штаммами, которые возникают в России. Россия даже по официальным цифрам находится в мировых лидерах по заражениям, — а чем больше заражений, тем больше возможностей для вируса эволюционировать, больше вероятность возникновения новых штаммов. И, скорее всего, у нас уже сейчас есть варианты, про которые пока никто не знает. «Да, мы можем замечать какие-то линии, которые уже сильно распространились в популяции, но увидеть что-то действительно новое и поэтому пока относительно редкое мы просто не в состоянии.»

А какова ситуация с распространением новых штаммов в мире? Оказывается все очень угрожающе просто: «новые варианты появляются и захватывают планету. Попав в популяцию, где есть только первоначальный, исходный вариант вируса SARS-CoV-2, любой из этих новых вариантов быстро вытесняет исходный штамм. Это впервые увидели в Великобритании, затем в Дании и Швейцарии, потом в США (причем там это было показано независимо друг от друга в разных штатах) и во многих других странах — в общем, это сейчас установлено очень аккуратно.» Г.Базыкин привел показательный пример Канады (провинция Онтарио), где после проникновения B.1.1.7 поначалу общее число случаев заражения продолжало падать, пока доля этого штамма была небольшой. Все расслабились… Потом доля этого варианта все более возрастала даже на фоне общего падения числа выявляемых заболеваний, и конечном счете, в начале марта падение сменилось резким ростом.

Короче, в мире все происходит по одному сценарию, и воспроизводится этот сценарий настолько точно, что можно количественно прогнозировать, как эти новые варианты будут замещать старый. Для B.1.1.7 репродуктивное число примерно в 1,5 выше, чем для первоначального варианта. «Это означает, грубо говоря, что если в феврале его частота в некоторой популяции составляет 1%, то в марте — 10%, в апреле — 50%, а в мае — 90%. И по мере этого роста частоты наши меры сдерживания будут работать всё хуже, что может привести к росту числа случаев.»
Г.Базыкин практически уверен, что Россия сейчас находится ровно на этом пути: «По тем данным, которые я держал в руках, частота B.1.1.7 в России месяц назад была около одного процента, а сейчас — уже порядка 10%. Она будет расти и дальше.» Фора, которая была у России, сейчас закончилась.

B.1.351 (южноафриканский вариант) у нас тоже уже присутствует. «Кто из них кого «победит» — сказать сложно; пока выигрывает B.1.1.7. В принципе разные штаммы с повышенной заразностью могут сосуществовать, хотя вряд ли — скорее в конце концов останется только один, самый приспособленный. В любом случае ни тот, ни другой не оставят никаких шансов нашему старому и относительно медлительному коронавирусу образца осени 2020 года.»
«Это не какие-то уникальные инсайды: Роспотребнадзор тоже говорит о существенной частоте B.1.1.7, B.1.351 и других вариантов, а точное значение здесь не так важно — через неделю оно все равно будет выше.»

Ну и в конце беседы ученого спросили, на какую перспективу все-таки рассчитывать в России, при том, что новые штаммы обладают повышенной трансмиссивностью, а, судя по данным избыточной смертности, у нас чуть ли не 50-процентная доля переболевших.

Г.Базыкин надеется, что сыграет все-таки не только доля переболевших, но и растущие темпы вакцинации. Оценить степень популяционного иммунитета сейчас очень сложно — оценки, полученные разными способами, расходятся. По опыту других стран бывает по-разному. По всем данным, которые есть сейчас, все вакцины против B.1.1.7 эффективны — просто он пока обгоняет. Там, где уровень вакцинации низкий, например, в Индии, где он примерно как у нас, — рост сейчас очень быстрый, хотя там тоже считалось, что все уже переболели. В целом повсюду видно, что новые варианты делают ситуацию существенно тяжелее. 

«Нынешняя ситуация — когда в популяции одновременно есть и вакцинированные, и переболевшие, и значительное число инфицированных — это как раз тот случай, когда возникает самый сильный дарвиновский естественный отбор вариантов, уходящих от иммунного ответа. Взаимодействие привитых — почти гарантированно безопасно. Взаимодействие непривитых — опасно. Но именно взаимодействие непривитых и привитых — это ситуация, максимально способствующая эволюции вируса, при которой как раз происходит отбор вариантов, способных все-таки уходить от иммунитета и «перепрыгивать» на вакцинированных. Поэтому такие взаимодействия в популяции нужно по возможности свести к минимуму. Я, например, стал в последнее время носить маску внимательнее, хотя уже давно привит. Но вообще-то надо вакцинировать просто всех и как можно скорее.»

Так что задумайтесь, господа...

Беседа полностью