Однако во время полёта у Васютина появились симптомы простатита[7]. По утверждению генерального конструктора НПО «Энергия» В. П. Глушко, ссылающегося на справку директора Института медико-биологических проблем академика О. Г. Газенко и стенограммы переговоров Васютина с врачами, Васютин заболел за четыре года до полёта[Комм. 2], лечился самостоятельно и не поставил в известность медиков Центра подготовки космонавтов, хотя чувствовал симптомы болезни во время предполётных тренировок и на стартовой позиции. Во время полёта состояние Васютина постепенно ухудшалось и 27 октября он был вынужден сообщить о своей болезни на Землю. Предпринятое после консультации с врачами лечение на борту космической станции к успеху не привело[6], в результате чего 17 ноября государственной комиссией было принято решение о досрочном прекращении экспедиции и посадке «Союза Т-14». Вместо больного Васютина командиром экипажа был назначен Виктор Савиных[1].
21 ноября 1985 года экипаж покинул станцию «Салют-7» на космическом корабле «Союз Т-14» и благополучно приземлился в тот же день[5]. Васютин был госпитализирован в ЦНИАГ
Глушко отметил, что согласно «Положению» награждение космонавтов производится только за успешное выполнение полёта. Он считал, что Владимир Васютин подлежал не награждению, а привлечению к ответственности[6]. Однако Президиум Верховного Совета СССР принял иное решение, и 20 декабря 1985 года Васютину, как и остальным участникам экспедиции, было присвоено звание Героя Советского Союза[2].
25 февраля 1986 года Васютин был исключён из отряда космонавтов по состоянию здоровья[2].
В набор медицинских исследований космонавтов-мужчин был добавлен анализ секрета предстательной железы