Вопрос про вывод средств и уплату процентов.

1. Платить надо с сальдо на конец года.
2. После вычета.

Как сказали выше — платится с сальдо на конец года.
Если до вывода прибыли у вас был убыток превышающий прибыль — налог не платится.
Если у вас прибыль и вы её выводите — брокер удерживает 13%. Если по концу года итоговый результат будет убыточным, то вы можете вернуть удержанный налог.
13% платится с чистого итогового результата за вычетом понесённых расходов, то есть комиссий биржи, брокера, убыточных сделок и прочего.

По ИИС тоже сальдируется или нет? 

Порядок расчета налоговой базы, при выплате денежных средств/выводе ценных бумаг в рамках брокерского договора до истечения налогового периода.

При выплате денежных средств (выводе ценных бумаг) более одного раза в течение налогового периода исчисление суммы налога производится нарастающим итогом с зачетом ранее уплаченных сумм налога (п.12 ст.226.1.НК РФ).

Сумма налога удерживается из выводимых денежных средств, если суммы остатка денежных средств на брокерском счете клиента после вывода не хватает для удержания, рассчитанного в связи с выводом налога. Если суммы остатка денежных средств на брокерском счете клиента достаточно для удержания налога, сумма налога удерживается из денежных средств на брокерском счете клиента.

Пример 1.

Вывод 1

Сумма (руб.)

Налоговая база

1 000

НДФЛ (налоговая база – далее НБ)

1000×13%=130

Сумма средств на счете

10 000

Сумма вывода 1

5 000

НДФЛ (сумма вывода – далее СВ)

5000×13%=650

НДФЛ к удержанию при выводе 1

130

Сравнивается сумма НДФЛ (НБ) и сумма вывода1: 130 < 5000, следовательно применяется метод B, НДФЛ будет удержан в сумме 130 руб. Клиент получит на свой текущий счет 5 000 руб.

Вывод 2

Сумма (руб.)

Налоговая база

5 000

НДФЛ (налоговая база – далее НБ)

5000×13%=650

НДФЛ, удержанный при выводе 1

130

НДФЛ к удержанию

650–130=520

Сумма средств на счете

10 000

Сумма вывода 2

5 000

НДФЛ (сумма вывода – далее СВ)

5000×13%=650

НДФЛ к удержанию при выводе 2

520

Сравнивается сумма НДФЛ к удержанию и сумма вывода2: 520 < 5000, следовательно, применяется метод B, НДФЛ будет удержан в сумме 520 руб. Клиент получит на свой текущий счет 5 000 руб.

Пётр Новак всё ясно и понятно объяснил