Дело ЮКОСа
В первой половине 2002 года в западноевропейской печати появилась серия статей, уличающих руководителей «ЮКОСа» в отмывании денег. Серия была спровоцирована обнаружением французскими налоговыми службами швейцарских банковских счетов Елены Коллонг-Поповой, через которые прошли сотни миллионов долларов. По ее утверждениям эти счета она открыла по просьбе одного из владельцев «ЮКОСа» Алексея Голубовича.
19 февраля 2003 года на встрече представителей крупного бизнеса с президентом России В. Путиным М. Ходорковский обвинил в коррупции государственную компанию «Роснефть», приведя в пример покупку небольшой нефтяной компании «Северная нефть» за баснословную по тем временам сумму $600 млн. В ответ Путин напомнил Ходорковскому, что «ЮКОС» имел проблемы с налогами (хотя и не уточнил какие) и поинтересовался, как нефтяная компания получила «сверхзапасы».
В апреле 2003 года «ЮКОС» объявил о слиянии с компанией «Сибнефть», на тот момент контролировавшейся Романом Абрамовичем. Велись переговоры о продаже блокирующего пакета акций объединённой компании с американскими ChevronTexaco и ExxonMobil. По словам Леонида Невзлина (одного из руководителей и совладельцев «ЮКОСа»), Ходорковский был уверен, что руководство страны одобрит эту рекордную сделку, но «Путина убедили, что Ходорковский его обманывает».
Также одной из причин начавшегося разгрома компании ряд аналитиков называли недовольство Путина финансированием Ходорковским и другими акционерами «ЮКОСа» российских партий, оппозиционных действовавшей на тот момент власти — «Яблока», СПС, КПРФ.
В 2003 году против НК «ЮКОС» Министерство Российской Федерации по налогам и сборам (после проведения административной реформы — Федеральная налоговая служба России) возбудило расследование по поводу уклонения НК «ЮКОС» от уплаты налогов в 2000—2003 годах.
За 2001 год «ЮКОС» должен был заплатить в виде различных налогов 14,5 долл. за каждый баррель добытой нефти, в то время как все нефтекомпании заплатили в среднем лишь 5,2 долл. За 2000 год на каждый добытый «ЮКОСом» баррель нефти было начислено налогов на сумму 10,5 долл, в то время как шесть других крупнейших нефтяных компаний заплатили в среднем по 6 долларов. За 2001 и 2002 годы на компанию были начислены суммы налогов, которые составляли 49,5 % выручки за 2001 год и 58,15 % за 2002 год, а общая сумма претензий налоговых органов с учетом штрафов превысила выручку компании за эти годы.
Общая сумма налоговых претензий с учётом штрафов и пеней за 2000—2003 годы составила 582 млрд руб., а с учетом претензий к дочерним обществам — 703 млрд руб. или почти 25 млрд долл. по тогдашнему курсу. По данным «ЮКОСа», налоговые претензии за 2004 год значительно превысили выручку компании.