Владимир Сергеевич, Да, переплата возвращается только после закрытия ИИС.
У меня переплата не только из-за покупок с НКД, но и небольшого убытка по ОФЗ-ИН, год назад решил их продать в небольшой убыток, т.к. решил, что купоны по ОФЗ флоатерам покроют этот убыток уменьшив НДФЛ.