Унаследовал ПИФ от умершего дяди. Хочу продать. Тут у меня возник вопрос, как я буду платить НДФЛ? Со всей суммы 13% или только с суммы полученной прибыли за вычетом приобретения дядей самого ПИФа?

Если продать сразу, то 13% со всей суммы, потому что стоимость приобретения для вас = 0.
Можно подождать пять (или три?) года, и тогда после продажи НДФЛ не платить вообще

Продайте 5% своего унаследованного пая и увидите расчёт.

Если ты откроешь декларацию по ндфл, то увидишь, что там не будет условной графы о том что ты приобрел этот актив по закупочной цене дяди. Там будет (условно) закупочная цена ноль. Документы-то на покупку на дядю, а не на тебя. Так что закупочную цену для вычета подтвердить не выйдет. На деле не выйдет. Чтобы там не было об этом в законе. Технически не выйдет. Не сможешь ты подать документы о покупке, т.к. не покупал. Так что налоговая выставит полную сумму, а тебе доказывать что не верблюд придется через суд. (Удачи)

Раньше было (если не отменили) право на ежегодный вычет в размере 250т. Вот таким образом, т.е. продажей кусками по 250т ежегодно, может и можно налога избежать. И дотянуть до 5 лет или сколько там сейчас считается владение активом до продажи без налога. 

Со всей суммы. Доход же всё.

Чёткий дед был!
Земля ему пухом!

Совсем иначе. Вы когда вступали в наследство проводилась оценка стоимости. Вот она и будет принята к вычету.