Ведь если у вас несколько брокерских счетов, может получиться так, что на каждом отдельном счете доход меньше 5 млн., но суммарный доход больше. Брокер, который удерживает НДФЛ ничего не знает о счетах у других брокеров и удерживает его по ставке 13%, а вот 2% с суммы дохода превышающей 5 млн. рублей вы по идее должны уплачивать сами. 
Кары за неподачу декларации и неуплату НДФЛ 20% — 40% от суммы неуплаченного налога.

Как с этим всем будет разгребаться налоговая — не представляю...
И кстати ЛК у них глючит, не принимает коды вычетов относящихся к ИИС, которые сам же и загружает из справок брокера.