В 1993 г. Гайдар в качестве директора Института экономических проблем переходного периода (ранее и впоследствии – Институт экономической политики) продолжал консультировать правительство и президента. В июне возглавил формировавшийся предвыборный блок «Выбор России»; вернулся в сентябре 1993 г. в кабинет министров на пост первого вице-премьера по экономике. 3 октября, во время противостояния президента и Верховного Совета, обратился к москвичам с призывом собраться у Моссовета с целью защитить демократические преобразования; участвовал как лидер блока «Выбор России» в выборах в Государственную думу Российской Федерации в 1993 г., на которых блок занял второе место.
В январе 1994 г. ушёл в отставку с поста первого вице-премьера, стал руководителем самой крупной в Государственной думе парламентской фракции «Выбор России» (1994–1995), в этом качестве продвигал ряд важных реформаторских законов; в июне был избран председателем партии «Демократический выбор России» (1994–2001).