ПО для учета облигаций с амортизацией долга (excel не предлагать). Есть что-то, что покажет реальную доходность таких бумаг?

реальную доходность можно считать только ручками.
с учетом комиссий на входе и выходе, налогов, срока владения, наличия/отсутствия реинвестирования
ибо ни один которобочный софт не знает вашего брокера и налоговой ситуации
и очень зависит от того, что вы имеете ввиду под словом «реальная»
я для себя считаю «реальную» после вычета всех поборов так, чтобы можно было сравнивать доходностью депозитов и других не-облигационных инструментов. и да, в экзеле.
у меня учет для шести разных счетов по более чем полусотне выпусков.