Ситуация такая: скучно мне стало трейдингом заниматься,
новых идей пока не приходит в голову,
да и слегка бессмысленное это времяпрепровождение.
Решил тряхнуть стариной и поудовлетворять свое любопытство
(за свой счет) в области которой когда-то занимался,
а именно сворачивание белков (мол. биология).
Ученый из меня не вышел, а любопытство осталось,
да и задача считается до сих пор нерешенной.
Вот ученые они удовлетворяют свое любознательность либо за счет бюджета,
либо за счет грантодателей. А я вот за счет рынка, хехе.

Короче, решил переписать часть алгоритмов на CUDA,
чтобы считать на видеокарте некоторые места быстрее.
И выходит у меня, что на видеокарте ускорение примерно в 100 раз (т.е. два порядка)
по сравнению с обычным 4.0 ГГц Core i7-4790K (8 ядер).
На двухпроцессорной станции с зионам ситуация не лучше, видеокарта рвет даже зионы.
В алгоритме много матричных операций, что очень удобно для видеокарт и не очень для
универсальных процессоров.

( Читать дальше )