astray, отвечу так, надеюсь будет понятно )
если у вас у одного брокера открыт ИИС и обычный брокерский счет, то по итогам года при расчете НДФЛ брокер учтет выплаты дивидендов по незакрытым ИИС и брокерским счетам, а также доходы по сделкам с ценными бумагами и пфи плюс купоны на брокерском счете.