1. По многим вопросам акционеры, у которых есть заинтересованность не могут голосовать. Их голоса не должны учитываться. 

Согласно ст. 181.5 ГК РФ,

Если иное не предусмотрено законом, решение собрания ничтожно в случае, если оно:

1) принято по вопросу, не включенному в повестку дня, за исключением случая, если в заседании или заочном голосовании приняли участие все участники соответствующего гражданско-правового сообщества;

2) принято при отсутствии необходимого кворума;

3) принято по вопросу, не относящемуся к компетенции собрания;

4) противоречит основам правопорядка или нравственности.

Кроме того, следует учесть, что в силу  ст. 10, ч. 2 ст. 168 ГК РФ, сделка, нарушающая требования закона или иного правового акта и при этом посягающая на публичные интересы либо права и охраняемые законом интересы третьих лиц, ничтожна.

Сделка недействительна по основаниям, установленным законом, в силу признания ее таковой судом (оспоримая сделка) либо независимо от такого признания (ничтожная сделка). [ч. 1 ст. 166 ГК РФ].

2. Во многих случаях, например при изменении устава, Закон об АО дает право требовать выкупа акций обществом. В этом случае, если не удается разрешить вопрос во внесудебном порядке, то, как правило, стоимость выкупной стоимости акций определяется в результате профессиональной судебной экспертизы (можно также ссылаться на балансовую стоимость/чистую стоимость активов для аргументации позиции, но рекомендуется профессиональная экспертиза).

3. Если Вы оспаривали само решение об эмиссии без доказательства заинтересованности и, следовательно, нарушения порядка голосования и учета голосов, то существует устоявшаяся позиция,  согласно которой отмена решения возможна только при условии того, что акционеры, оспаривающие решение, имеют большее число голосов, чем те, кто голосует за решение. Однако, можно сослаться на нарушение учета голосов по решению, в котором имеется заинтересованность.

4. Вопрос и требования к АО Реестр не ясны из описания. Полагаю, что проверка экономической целесообразности корпоративных решений не является прерогативой регистратора. Однако, возможно, они как-то способствовали указанным действиям, например, неверно учитывая голоса и/или скрывая конфликт интересов.

5. Может также рассмотреть вопрос взыскания вреда с членов совета директоров на основе ответственности за причинения вреда [1064-1078 ГК РФ] и/или фидуциарной ответственности. Так как указанная ответственность членов совета директоров, вероятно, застрахована, то взыскание компенсации за причинение вреда  может облегчиться взысканием со страховой компании.

6. Если докажите уголовные правонарушения, также можете подать заявления о признании потерпевшим.

Удачи