Лишиться таким образом денег очень маловероятно, но при стечении обстоятельств можно довольно долго ждать возврата/зачисления.
В свое время, правда давно, работал с этим процессом, могу вкратце рассказать, не думаю что базовые принципы сильно изменились. Все зачисления/списания в банкомате всегда идут онлайн через процессинг банка (если нет связи онлайн, банкомат вас не обслужит, выдаст сообщение что не работает по техническим причинам). Так же в банкоматах периодически происходит инкассация. И вполне логично, что результат инкассации (извлечённый остаток денег) должен в точности совпасть с данными о прошедших операциях через процессинг. При несовпадении, если оно есть, сумма разницы зачисляется на счета излишков/недостач, и для их распределения берутся оформленные от клиентов претензии. Если сумма претензий совпадает с разницей, претензии закрываются быстро. Если не совпадают — то к анализу претензий подключаются техническая служба и служба безопасности, происходит детальный анализ.