Пост отредактировать не даёт, поэтому итоги в комменты.
Написал запрос брокеру, и проверил на практике — так и есть.
Финансовый результат действительно считается по ФИФО и минус будет даже если сначала новые бумаги купить, а потом старые продать. Единственный нюанс — среднюю в портфеле будет показывать криво, не соответствующую реальной, которая будет равна цене покупки при этом перетряхивании. Если сначала продать потом купить, то минус ествественно тоже зафиксируется, а также средняя будет показываться именно по покупке, т.е. правильной.
Вобщем хорошо получилось зафиксировать минус по паре позиций на днях, пока корректировочка была)

naiveinvest, 
С новым сроком для льготы ЛДВ, который пойдет заново (ибо ФИФО) вопросов нет, тут всё логично.

Свежекупленные акции нужно будет более трех лет держать, чтобы не пришлось платить налог, если вырастут.

Спасибо за ответ! Я на днях закрыл фьючерс МИКС с убытком и думал, что в отчете сумма налога к удержанию уменьшится, но она осталась прежней. Буду выяснять в Сбере.

Чернобров, 
Если деньги со счета выводить тоже вроде как считают какие-то промежуточные итоги. Но выводить в планах нет. Просто хочется по газмясу зафиксировать минус, оставив пакет папир, чтобы по другим в конце года меньше налог платить.
Про Сбер не знаю, у них только ИИС, и пока не закрывал. ВТБ вроде налоги по итогу года учитывает минуса что были. По крайней мере один год был небольшой минус и по ошибке небольшой плюс (тыкнул продать вместо купить) и они их учли.

А убытки брокер сальдирует только в конце года? А при выводе средств? Вроде слышал, что Сбер ничего е сальдирует.