Иван Жуков, сначала брокер уменьшат налоговую базу расходами (стоимость покупки, комиссии и сборы), если остается «плюс», то к нему уже применяет ЛДВ, если выполнены условия.

Лимит по ЛДВ дается на год налогоплательщику, не на конкретную бумагу или счет. Если у вас несколько брокерских счетов у одного брокера, то он делает по ним общий расчет. Если несколько счетов у разных брокеров, то каждый брокер считает по имеющимся у него данным, а потом уже по итогам года, если ФНС выявит завшение по ЛДВ, то вы возвращаете разницу.

Надеюсь я ответила на ваш вопрос)

Иван Жуков, уточняю свой ответ, т.к. скорее всего не так поняла ваш первый вопрос)
учет ценных бумаг на разных счетах у разных брокеров ведется отдельно, но лимит на вычет (ЛДВ) общий. Поэтому общая сумма годовой льготы, полученная у всех брокеров, не должна превышать допустимую сумму. Иначе придется пересчитать налоговую базу за год, в котором допущено превышение и доплатить налог.  

ИИС — обособленный счет, но лимит вычета по прибыли на ИИС-3 будет считаться по всем счетам закрытым на один год.