Тема обсуждается здесь: https://forum.quik.ru/messages/forum10/message54555/topic6400/
Для решения достаточно скопировать файлы индикаторов из подпапок в корневую папку индикаторов [QUIK]\LuaIndicators.
После перезапуска QUIK все настройки индикаторов сохраняются.