1. Биржевой выкуп облигаций по оферте, тогда комиссия взимается как с обычной сделки по продаже и пропорциональна количеству облигаций.
2. Выкуп через номинального держателя, т.е. через депозитарий. В этом случае комиссия фиксированная (например, 1000 рублей) и не зависит от количества бумаг.
Чаще встречается второй вариант.
А что выгоднее — придётся считать самому.